Fu edificata a partire dal 1647 per iniziativa della famiglia Rospigliosi, per accogliere i Gesuiti, su disegno dell'architetto gesuita Tommaso Ramignani. Per la decorazione interna un ruolo centrale fu svolto dal Cardinale Giulio Rospigliosi, poi Papa Clemente IX. Nel 1668 Gian Lorenzo Bernini progettò l'altar maggiore. Del 1670 è la grande tela dell'altar maggiore con l'"Apparizione di Cristo a Sant'Ignazio" di Pietro da Cortona. L'organo di Guglielmo Hermans (1664), incorniciato da una grande cassa lignea intagliata e dorata, è di altissima qualità. Dopo la soppressione nel 1773 della Compagnia di Gesù subentrò la Congregazione dello Spirito Santo, a sua volta soppressa nel 1783. Dopo un lungo intervento di consolidamento e di recupero la chiesa è stata riaperta al culto nel 1988.
Clemente IX Rospigliosi commissionò, nella seconda metà del XVII secolo, la costruzione di un secondo organo di fronte al primo, ma questo non fu mai realizzato (vennero realizzate solamente la cantoria e la facciata). Il progetto, con varie aggiunte e modifiche, è stato ripreso in considerazione solo ai nostri giorni ed è stato affidato a Glauco Ghilardi, organaro lucchese, che dovrebbe completarlo entro la fine del 2007.
All'interno si trovano anche i pregevoli dipinti, tra cui l'Assunzione di Maria di Giuseppe Nasini, la Santa Lucia di Gio.Battista Gigli e la Vergine Annunziata, commissionati dalla nobile famiglia dei conti Manni per la vicina chiesa di San Biagio altrimenti detta Santa Maria in Borgo Strada e da lì rimossi anni orsono.
Interventi della Fondazione
2000
Impianto di riscaldamento della Chiesa e della sacrestia